O continente de Johto apresenta, em primeiro lugar, uma floresta sagrada onde se diz que vive Celebi, o Guardião das Florestas. Johto apresenta as Ruínas Alph, onde, se completado um quebra-cabeça, libera os misteriosos Unown para serem encontrados e capturados. No mar, há um conjunto de ilhas onde vive Lugia, Guardião dos Mares(não confundí-lo com Kyogre, o Guardião dos Oceanos). Há também um lago o qual contém um Gyarados geneticamente modificado pela Equipe Rocket. Mas, nada supera Mt. Silver, uma montanha que separa Jotho de Kanto e lá vivem poderosos Pokémon

Aqui, normalmente, começa a jornada de um treinador Pokémon de Jotho. Aqui vive o Prof. Elm, perito Pokémon da cidade e 2ª autoridade Pokémon de Jotho.

Uma cidade pequena, que serve de conexão entre New Bark e Violet. Há um centro Pokémon e uma loja de itens.

Aqui, além de abrigar uma torre e ter várias casas, fica o antigo primeiro ginásio da Liga Jotho ou Liga de Prata.Onde Falkner, o ex-líder de ginásio, usava seus Pokémons voadores contra os iniciantes treinadores que vinham em busca e sua primeira insignia.

Uma cidade calma, com uma caverna ao lado e a passagem para a floresta de Azalea à esquerda. Aqui vive Kurt, um homem que cria Pokébolas. Éra aqui também que se abrigava o segundo ginásio da Liga Jotho. Bugsy, a líder do ginásio, usava Pokémons do tipo inseto.

Seu tamanho só pode ser comparado com Saffron, a maior cidade de Kanto. Aqui há um gigantesco centro Pokémon ,várias casas, um cassino, uma estação de rádio, uma estação ferroviária que liga Godenrod a Saffron e, é claro, o terceiro antigo ginásio da Liga Jotho.A líder Withney, éra quem comandava os pokemons do tipo normal.

Aqui é uma cidade sagrada, . Também há a Tin Tower, . Mas, o quarto ginásio ficava aqui também. Morty éra um expert em Pokémons fantasma

Aqui fica o farol de Jotho, o qual avisa os navios que chegam para tomarem cuidado. Aqui também fica o porto do Jotho, onde navios dos outros continentes podem atracar. Mas não podemos esquecer do quinto ginásio e sua bela ex-líder, Jasmine, perita em Pokémons metálicos

É uma pequena ilha de Johto, mas maior que a de Cinnabar, em Kanto, nessa cidade há um cara que tira fotos de Pokémon, uma casa que vende itens e é claro o ex-sexto ginásio de Johto, do antigo líder ,Chuck usava 'Pokémons do tipo lutador

Nesta pequena cidade, há um lago ao Norte onde vive um Gyarados geneticamente modificado. O sétimo ginásio também é aqui. Com seu líder de gelo, Pryce, o ginásio é um dos mais fáceis de ser vencido

Perto ca Caverna de Gelo e de um santuário de Pokémon dragão. Como não poderia ser diferente, o último ginásio da Liga, com sua líder Clair, éra do tipo dragão.